《奈克瑟斯奥特曼剧场版》是一部扣人心弦的电影，由导演Kazuya Konaka执导，主要演员包括别所哲也、Kyôko Toyama和Kenya Osumi。故事发生在太平洋上坠落了一架不明飞行物体后，海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也）正在调查此事。他突然遭遇到一道蓝光，并受到发光体的影响，导致基因发生变异并变成了凶恶的怪兽THE ONE。 随后，THE ONE逃离了防卫厅内专门研究生物工程学的机构BCST（Biological Engineering Research Organization），从此音讯全无。与此同时，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也）为了陪伴患有先天性疾病的儿子继梦而辞去官职。在最后一次飞行中，真木与一个红色发光体在空中相遇。这个事件是THE ONE事件之后三个月发生的。 奇迹般地幸存下来后，真木转职成为民航机飞行员，并开始新的生活。然而BCST对于真木仍然非常关注，尤其是化学专家水原沙罗。BCST强制带走真木，并在一个废弃工厂中建立了研究室对他进行身体监视。与此同时，THE ONE似乎被某种力量吸引而回来了。 真木在与THE ONE的战斗中受到重伤濒临死亡，但他的身体发生了变化，并在红色光球的力量下变身为高达10米、闪耀银色光芒的钢铁怪物。有时候还保留着自己的意识，真木与THE ONE展开激烈战斗。然而由于变身不完全，能量迅速消耗，在遭受决定性一击后又恢复成真木舜一的形态。 随后，沙罗将这个在THE ONE之后出现的生命体命名为 THE NEXT。当真木被护送回BCST研究室途中得知儿子继梦入院消息时，在医院与妻子蓉子再次相遇。此时人类面临着最大危机：吸收各种生物并发生突变的THE ONE再次出现在新宿街头，并以超级火焰光弹摧毁了整条街道。THE ONE已经完全取代了有恸的人格，无法再变回人类状态。 然而，在沙罗心中留下的回忆以及与儿子继梦的约定，为了保护心爱的家族，真木再次变身。这一次，他进化成高达40米巨大怪物，在身体上出现流血般的红色，并且肘部还有特殊刀刃。现在，以新宿副市中心为舞台，奥特曼与THE ONE展开决战！...