《游戏王VRAINS第六部》是一部以互联网系统发达的都市「DEN CITY」为背景的故事。在这个城市中，巨型企业「SOL技术社」通过高度发达的网络技术构建了一个名为「LINK VRAINS」的虚拟现实空间。人们热衷于在这个虚拟空间中体验全新的决斗乐趣。
然而，在「LINK VRAINS」中出现了一个神秘黑客集团，他们利用决斗进行黑客行为，被称为「海诺因骑士团」。他们的目标是摧毁存在于互联网某处的AI世界=电子界。当世界面临这样威胁时，一位决斗者站了出来，他就是名叫「Playmaker」（玩家）。在一场传奇战斗中，「Playmaker」使用压倒性实力击败了「海诺因骑士团」，成功夺回了被SOL技术社和海诺因骑士团追逐不已的神秘AI程序。
然而，在拯救世界后不久，“Playmaker”突然消失无踪，在互联网世界里成为传说。如今，“Playmaker”的真实身份是高中生藤木游作。为了寻找过去发生的某个事件的真相，他开始追击再次出现在「VRAINS」中的「海诺因骑士团」。这一切成为了一个契机，命运之轮开始转动……
究竟是什么样的人物隐藏在神秘AI背后？「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」有何目的？以及游作过去所隐藏着怎样的真相？所有答案都将揭晓于「Link Vrains」之中……故事将继续展开，让我们拭目以待！