《奈克斯特·奥特曼》是一部由小中和哉导演，别所哲也、远山景织子、大澄贤也、裕木奈江和广田亮平主演的电影。故事发生在太平洋上，海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也）正在调查一起坠落在海洋中的不明飞行物体。突然间，他遭遇到了蓝光的干扰，并且受到了发光体的影响，导致他的基因发生了变异，变成了凶恶的怪兽THE ONE。
随后，THE ONE逃离了防卫厅内专门研究生物工程学的机构BCST（对生物工程学研究机关）监视下，并消失得无影无踪。与此同时，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也）为了多陪伴患有先天性疾病儿子继梦而决定辞去官职。在最后一次飞行中，真木与一个红色发光体在空中相遇。
这个事件是THE ONE事件之后三个月发生的。令人惊讶地是真木奇迹般地生还，并且转行成为了民航机飞行员，开始了新的生活。BCST对真木非常关注，尤其是化学专家水原沙罗。BCST强制带走真木，并在一个废弃工厂中建立了研究室，对他进行身体监视。
与此同时，THE ONE似乎被某种力量吸引而回来。真木遭受到THE ONE的攻击濒临死亡，但他的身体发生了变化，在红色光球的力量下变身为一个高达10米、闪耀银色光芒、拥有钢铁般身体的形态。
这个新形态下的真木偶尔还保留着自己的意识，并与THE ONE展开战斗。然而由于变身不完全，能量迅速消耗，在受到决定性一击后重新恢复成真木舜一。
随后沙罗将这个在THE ONE之后出现的生命体命名为 THE NEXT。在护送真木返回BCST研究室途中，他得知儿子继梦入院消息，并赶往医院与妻子蓉子再次相见。
就在此时，人类面临着最大危机——吸收了各种生物并发生变异的THE ONE再次出现在新宿街道上，通过口中喷射出的超强火焰将街道烧毁。THE ONE已经完全取代了原本有人格的状态，无法再变回人类。
然而，在真木心中保留着与沙罗婚约和与儿子继梦的约定，为了保护自己所爱的家族，真木再次变身。他进化成一个高达40米、全身闪耀红色光芒、两肘上还有刀刃特征的巨大形态。
现在，以新宿副市中心为舞台，奥特曼与THE ONE之间决战即将开始！...