《名侦探柯南：通向天国的倒计时》是一部以日本动漫为基础的电影作品，由儿玉兼嗣担任导演，高山南、山崎和佳奈、神谷明、山口胜平、林原惠美、岩居由希子、高木涉和大谷育江等知名演员共同出演。
故事发生在柯南和灰原与少年侦探队成员步美、光彦以及元太结束露营之旅后。他们顺道参观了位于富士山前的日本第一双塔摩天大楼。毛利小五郎应邀携小兰和园子参加了开幕典礼，因为他是双塔所有者的学妹常盘美绪的朋友。
在美绪的介绍下，他们认识了以画富士山而闻名的画家如月峰水，市议员大木岩松以及双塔设计者风间英彦（森谷帝二的弟子，在第一部电影《引爆摩天楼》中曾挑战过新一），还有天才程序员原。然而，在这期间，灰原表现得异常。
不久后，大木提前入住B塔被害。目暮警官开始调查发现他与美绪之间似乎有着不寻常的关系。与此同时，原也在家中被杀害。由于现场都留下了与日本画家使用的乳钵相似的小酒杯碎片，两起案件看起来像是同一个人所为。
柯南联想到灰原曾经效力过、以酒名为绰号的黑暗组织，因为他们使用小酒杯作为标志，并注意到第二起案件中碎片上没有血迹。与此同时，他发现灰原之前异常举动的原因，并意识到她正在被人追踪。
园子开玩笑地把头发弄成了和雪莉（灰原）很像的样子。在开幕酒会上，美绪向宾客展示了如月最珍贵的富士山画作时被杀害了。她死状恰好呈现出双塔横亘在富士山正中央缩影图中一样的形象，在她身下也放着一个完好无损的小酒杯。
地上还有一颗本应该戴在美绪脖子上珍珠引起了柯南对如月产生怀疑。紧接着，在A楼美绪公司电脑档案所在的楼层和地下配电室发生了爆炸。逃离火海的时刻，柯南注意到有人正瞄准着园子，他心中得出了所有问题的答案。但他和小兰等人最迫切需要解决的问题是如何从火海中逃脱……