《烽火飞花》是一部感人至深的抗日战争时期的爱情故事。故事发生在战火纷飞的洛平，师范生吴汉生决定加入游击队参加卫土战斗，但被游击队政治部主任张国威劝阻留在学校团结同学。日军占领洛平后，成立伪政府并命令师范学校复课，其中一名翻译官汪东原被任命为日文教师，他的女儿樱子也成为了插班生。
然而，在学校里汪东原和樱子受到其他学生的嘲笑和抵制。吴汉声组织地下抗日组织的事情泄露出去了，幸好被汪东原发现并解决掉了。与此同时，张国威化名杨尚恕回到洛平，在师范学校担任国问老师，并部署游击队进行反攻。
一次行动中，一个大后方派来要与汪东原联络的情报站长被捕。为了营救他们以及其他被捕游击队员, 张国威和吴汉声绑架了樱子，要挟犬养光雄。原来张国威和犬养在日本时认识，并与同一个女人和合子有过一段感情。中国战争爆发后，张回国了，而和合子随着犬养结婚并生下了樱子。
在被绑架期间，张向樱子讲述了过去的事情，并解释游击队的处境。樱子对此深表同情，并毅然自愿割下尾指并写信警告犬养放人。吴汉声从樱子口中得知日军为加速组织伪军调来伪满洲空头司令刚占山竞选省主席。
游击队途中截获刚占山，并迫使他写下忏悔书并交巨款后释放他回到洛平做汉奸。师范学校举行校庆活动时，穆莉和樱子被选为模范学生，而犬养与日军华中司令官铃木浩二相遇时产生了怀疑，并密切关注他们的行动。
另一方面，张拿到刚占山的忏悔书后，计划暗杀他，但被汪东原阻止，并决定留下刚协助完成任务。吴汉声在学校组织的铁血救国团因发传单被犬养发现并进行搜查。在危急时刻，汪东原向张透露了自己的身份，并取走了刚占山的忏悔书。
然而，张因身份暴露而选择自杀，在临死之前烧毁了大量文件。铃木抵达时找到了未被烧毁的一部分文件中有一首诗引人深思。同学们和樱子都误以为是汪东原害死了张国威，使得他无法辩解。同时也导致樱子与他断绝关系。
同学们为张举行追悼会并宣扬爱国思想，犬养下令拘捕学生。在铃木主张施行怀柔政策以及樱子求情下，最终释放了学生们。然而，在这次事件中，樱子受到同学们误解和歧视，并黯然离开了他们的生活圈子, 使吴感到非常内疚。
通过从张留下来的一首诗中，铃木终于认出中国特工汪东原潜伏在洛平，找到了他并展开了一场恶斗。最终铃木身亡，而汪东原自伤并告发犬养。犬养以暴行镇压学生的爱国活动，使得樱子对他产生不满，并站在吴的一边。
吴计划埋藏炸药协助游击队攻城，并杀死汉奸。犬养撤至师范学校以学生为人质。此时，刚占山已调军解围，游击队撤退。犬养派遣汪东原留在洛平担任会长，并迫使他血洗学校。
尽管如此, 汪还是放走了所有的学生, 包括吴汉声。樱子对父亲的暴行无法忍受，在离开洛平与吴相会后度过了一段甜蜜的日子。然而, 她倍受中国人歧视, 最终被迫返回洛平. 犬养的暴行变本加厉.
同时, 汪因为樱子离去而与穆莉接近，并将她视为倾诉对象，但心中仍念念不忘樱子。现在樱子已经回来了，他们是否能够和好如初呢？回到洛平的樱子在生活上又发生了什么变化呢？而吴汉声为了与樱子团聚，正在策划光复洛平的行动...