《潜艇总动员2》是一部由谭轶心和鲍勃·道塞特执导的喜剧动画家庭冒险电影。故事讲述了两只优秀的科研小潜艇阿力和贝贝面临神秘有趣的挑战。著名海洋研究学家兼水下考古学家苏红博士拥有四枚仿制品加勒比海盗藏在深海中的上古勋章，分别代表智慧、勇气、友谊和正义。苏红博士告诉阿力和贝贝，如果他们能完成一项任务，就会得到一枚勋章作为奖励。如果收集齐四枚勋章，他们将被邀请去泉州参加海洋博物馆开幕仪式，并获得博士赠送的神秘奖励。
小潜艇们听到这个消息后非常兴奋，并迫不及待地开始尝试。阿力、贝贝以及其他小伙伴如摩托艇蛙蛙、宠物猴淘淘和单脚滑行艇石头等团结合作，勇敢面对各种困难。他们相继完成了地中海埃及女王皇冠的搜寻、北冰洋佩斯号残骸的搜寻、阿拉伯海古城石板的搜寻以及整合沉船文物保护的任务。他们陆续获得了博士颁发的四枚勋章，并回到泉州。
在经历了惊险刺激的搜索后，他们找到了郑和沉船的船锚，并将这珍贵的文物作为礼物送给即将开幕的泉州海洋博物馆。小潜艇们不辜负众望，成功完成苏红博士交给他们所有任务。苏红博士兑现了自己承诺，在泉州海洋博物馆开幕式上放出了小潜艇形象烟花作为惊喜奖励。
通过这次海洋探险经历，小潜艇们不仅变得更加成熟、勇敢、团结和合作，还学到了关于悠久的海洋文明以及海洋文物保护等许多有用知识。他们成为真正可爱而勇敢无畏的潜艇小英雄！