《机动战舰剧场版：暗黑王子》是一部扣人心弦的日韩动漫电影，由佐藤龙雄导演，上田祐司、桑岛法子、南央美等众多明星主演。故事背景设定在八号殖民地白雪公主遭到突如其来的袭击之下。防御力量迅速溃败，研究员们被几个头戴斗笠的人追杀。入侵机器人闯入白雪公主号舰内，血流成河。联合宇宙军战舰接到求救信号赶到时，白雪公主号已经四处爆炸起火。入侵机器人留下了玻色子跳跃前的模糊影像，这种跳跃需要大型战舰才能实现，因此幽灵机器人的传闻开始传开。
地球统合军成立调查委员会负责调查连续发生爆炸事件，并排除了宇宙军参与其中，并不相信与机器人和玻色子跳跃有关。为此，联合宇宙军自行展开调查，并计划从玻色子跳跃系统入手进行探究，这就涉及到葫芦计划。葫芦计划是在人类活动频繁的宇宙区域内建立玻色子跳跃通道，使战舰可以方便地在各地之间移动。机动战舰抚子号奉命前往殖民地天照执行葫芦计划。
在天照殖民地，琉璃受到当地指挥官的故意冷落。为了揭露真相，琉璃利用抚子号上的超级电脑思兼侵入天照的电脑系统，并发现了不属于正式设计图上的玻色子跳跃通道以及大量非正式实验记录。此时，天照的电脑系统出现异常，显示出OTIKA字样无法正常工作。OTIKA反过来就是AKITO（主角名），琉璃突然有所感应，那是暗号吗？还是巧合？但明人和由利加已经死了啊。
终于，在玻色子光芒中闪耀着入侵者出现了。虽然入侵机器人只有十几米长，但具有强大的攻击力和威力。面对这一情况，琉璃命令抚子号进入战备状态，但不参与天照的保卫战斗。另一方面，凉子带领的爱特巴里斯队出动，试图引导入侵者撤退到殖民地外圈。突然间，一艘不明战舰通过时空跳跃出现，并用重力波炮攻击使殖民地警卫队损失惨重。入侵机器人乘机闯入了殖民地内部。
在混乱中，琉璃被当地指挥部自称火星后继者的势力控制。天照最终被火星后继者摧毁，并且他们占据了火星极冠。调查发现火星后继者和尼鲁加路联手合作，计划通过掌握葫芦计划中的玻色子跳跃通道来实现野心。
面对新威胁，琉璃等人奉命返回地球召集援兵。原抚子号成员重新聚集起来，并有许多年轻人加入他们的行列。然而，在返回地球途中还发生了其他事件……这是一个充满紧张和悬念的故事，结局如何？一切都将在最后的决斗中揭晓。