《妲己不是坏狐狸漫动画第二季》是一部备受期待的国产爱情动漫电视剧。该剧由知名导演执导，众多实力派演员担纲主演。故事背景设定在朝歌时代，当纣王初次见到妲己时，她的美丽令人倾倒。在桃花树下，妲己默默地为父亲之事流下了眼泪。为了让妲己开心一笑，纣王宽恕了苏家灭族之罪。
姜皇后站在阁楼上凝望着月亮，心中充满悲伤和思念之情。她不计前嫌救醒了中毒的妲己。此刻，在虿盆崖边的虹崖上方, 云溪曾对着天空说过一番话, 她如今回想起来, 感到非常愧疚和难过。
皇后放走了被囚禁的妲己，并透露出深意的话语。突然间，一群神秘黑衣人出现在昏迷中的君亦辰身旁，并没有透露他们的动机。妲己奋不顾身地从黑衣人手中救回了君亦辰。君亦辰在虿盆崖失去了太多的阳气，为了帮助他疗伤，妲己决定前往妖族地界-虹崖。
在一间当铺里，妲己轻车熟路地走进去，一只豹子应声而出。聪明的妲己偷走了豹子贴身暗藏的元气珠，结果豹子变得暴躁起来。为了救治君亦辰，妲己将元气珠给他服下后，愤怒的申公豹恢复成人形，并带着醋意冷言讽刺着妲己后离开。
邓玉向师父闻太师请罪，并表示这一世君亦辰不能死去, 后果将是黑暗轮回无法解开。自知有罪的云溪将自己托付给闻太师，并选择消散于世间, 邓玉悲伤得哭泣不止。
此时，在没有任何打扰下，只有两个人相依相偎在花前月下倾诉心声。妲己却无意中喊出了君亦辰的名字，这让他感到受伤和困惑。君亦辰表示不愿做他人的替身，妲己黯然失色。为了打破尴尬，妲己主动向君亦辰道歉，并表明自己的真心。君亦辰终于释然。
为了让自己更加熟悉现代生活，妲己带着君亦辰一起外出……整个故事充满着爱情与冒险，在历经种种困难后，两位主角逐渐走近彼此并共同面对未来的挑战。