《超人：毁灭日》是一部欧美动漫、剧情、动作、动画和冒险电影。由劳伦·蒙哥马利和布鲁斯·提姆共同执导，主演包括Adam Baldwin、Anne Heche和James Marsters。
故事以雷克斯·路瑟的视角开始，描述了超人在地球上的英雄事迹和形象。雷克斯将超人描绘成一个地球上的神，但他坚持认为即使是神也必须死亡。
露易丝和超人正在享受浪漫约会，但露易丝对两人关系只能在孤独堡垒中保密并不满意。超人坚持认为他们的关系应该保持秘密，并没有透露自己真实身份是克拉克·肯特，尽管露易丝已经开始怀疑。
与此同时，在雷克斯公司进行挖掘工作时意外释放出基因改造的凶残怪物末日杀手。末日杀手残忍地杀害了所有工人，并开始向城市进发，在途中屠杀了鹿、狗以及它们的主人。
末日杀手到达大都市后被超人发现，并展开一场激烈战斗。最终，超人全力将末日杀手从高空抓住并摔向地面，露易丝和同事吉米·奥尔森告诉大家超人成功击败了敌人，但也因伤势过重而牺牲。
全世界为英雄的倒下而哀悼，并在公园建立了超人的纪念碑。然而，雷克斯为确保没有人知道雷克斯公司和末日杀手有关系，他枪杀了自己的女助理。
吉米对超人的死感到非常难过，并意外地转职到其他大型报社工作。超人死后，犯罪率上升，玩具人控制着巨型机械蜘蛛，并挟持一辆满载孩子的校车停在屋顶上。
露易丝决定解救被挟持的人质，并独自前往执行任务，在危急关头时，意外地遇到复活的超人及时出现并制服了玩具人。露易丝开心地与复活后的超人亲吻，在此之后，养母玛莎开始质疑为什么他没有给家里打电话，同时露易丝也觉得有些奇怪。
后来揭示复活的超人实际上是雷克斯制造的克隆人，雷克斯在超人与末日杀手战斗时收集了超人的血液，因此他能够复制出听从自己命令的超人。雷克斯将复制超人引入一个有红色太阳光照射的房间，并戴上氪石手套不断折磨他以发泄怒火。
折磨结束后，雷克斯前去看望自己私自挖掘出来的真正超人尸体。然而事实上，真正的超人还活着，并被他机器助手偷偷带到孤独堡垒恢复力量。
当复制超人看到玩具人逃脱后杀害了一名4岁女孩时，性格突然变得阴暗，并立即前往击败玩具人。这种行为让周围的其他角色感到奇怪，警察也开始追捕他，露易丝认为他并非真正的超人。
后来露易丝和吉米发现了雷克斯想要创建一支由复制超级英雄组成大军的计划，在雷克斯打算解决两个目击者时，意外地复制超人出现并帮助了他们，并摧毁了所有的复制超人试管，因为复制超人自己拿出体内含铅的氪石使得雷克斯无法控制他。
与此同时，真正的超人在机器助手的帮助下逐渐恢复力量，但听到军队和复制超人开战的消息后立即赶往现场。然而，由于力量只恢复了六成，机器助手给他穿上黑色太阳能装并交给他氪石枪。
随后，超人与复制超人展开激战，在战斗中，超人的氪石枪被打飞到远处，并一直处于下风。露易丝捡起氪石枪准备射击复制超人时被对方摧毁了枪支，但氪石罐掉落在地。
末日杀手在将真正的超人打倒时举起旁边的纪念碑试图结束对方，在关键时刻，真正的超人用热力射线击碎附着在末日杀手胸口上面罐子里含有大量气体释放出来导致末日杀手失败。
临死前，末日杀手告诉超人要保护人民。露易丝确定他是真正的超人，并与他亲吻，同时也赢得了大家的信任。
最后，在露易丝的公寓里，超人发现她写的文章标题复活拼写错误，并戴上眼镜证明自己就是克拉克。露易丝高兴地拥抱着他。
在雷克斯公司，雷克斯虽然被复制超人重伤，但仍然活着。他微笑着思考着过去已经证明了神可以死亡，但也可以从死亡中复活。他对自己微笑并沉思着下一步如何摧毁超人...